Après une dernière séance des essais libres, remportée par Michael Schumacher qui a notamment pulvérisé le record de la piste en 1'30''653, la séance de qualification s'ouvre sous le soleil et il fait 24° dans l'air et 31° sur la piste. Dès le feu vert, Jarno Trulli s'est élancé aux côtés de son coéquipier Ralf Schumacher et des deux pilotes Super Aguri, Takuma Sato et Sakon Yamamoto. Ce dernier n'a d'ailleurs pas été bien loin puisqu'il a effectué un tête-à-queue à hauteur du virage n°11 et il est resté bloqué au beau milieu de la piste. Devant, Michael Schumacher et Felipe Massa font la course en tête, seulement troublés par la Toyota de Jarno Trulli qui vient se glisser une première fois entre les deux Ferrari puis en tête de la feuille des temps. Nico Rosberg vient aussi jouer des coudes et prend la troisième place. De son côté, le Champion du Monde en titre, Fernando Alonso s'est contenté de temporiser et prend la 5e place de ce premier quart d'heure. Les pilotes suivant ont eu moins de chance et sont éliminés : David Coulthard, Robert Doornbos, Scott Speed, Takuma Sato, Tiago Monteiro et Sakon Yamamoto. A l'inverse de la première journée des essais libres de ce GP du Japon, 17e et avant-dernière manche du Championnat du Monde, cette première partie de la qualification est dominée par les voitures équipées de pneumatiques Bridgestone qui occupent les 4 premières places de ce classement provisoire. La deuxième partie de cette séance de qualification est ouverte et c'est Jarno Trulli qui réalise le premier chrono en 1'30''208. Le septuple Champion du Monde Michael Schumacher entre en piste et fait très vite parler la poudre. Il prend une première place provisoire en 1'28''954. Felipe Massa vient se placer juste derrière son coéquipier et il est suivi par Jarno Trulli. A la fin de ce deuxième tiers-temps, Rubens Barrichello sauve sa tête en prenant de justesse la 10e place et sort Kimi Raïkkönen. Pour les pilotes suivants, c'est terminé : Robert Kubica, Pedro De La Rosa, Mark Webber, Vitantonio Liuzzi et Christijan Albers. La dernière ligne droite de cette séance de qualification déterminera qui, demain, sera en pôle du GP du Japon. Les deux Ferrari sont les premières à s'élancer, suivies par les deux Renault. Sur la piste, c'est un peu la cour de la récréation : Michael Schumacher part en tête et Felipe Massa le suit en prenant bien soin de protéger sa place, face à Fernando Alonso. Ce dernier se plaint à la radio qu'il est gêné par le brésilien. Devant, le septuple Champion du Monde, Michael Schumacher s'empare de la pôle provisoire. Felipe Massa se place derrière le pilote allemand et Fernando Alonso est à l'affût, mais il se fait tout de même passer par Jarno Trulli et Giancarlo Fisichella. Les pilotes repassent par leur garage pour mettre des pneus neufs. Il reste 2 minutes et Michael Schumacher tient toujours la tête, mais Felipe Massa fait encore mieux avec un chrono en 1'29''599. Le pilote brésilien n'est pas du tout sympa avec son coéquipier Michael Schumacher. Il prive le pilote allemand d'une 9e pôle historique à Suzuka, ce qui lui aurait valu l'exclusivité du record, qu'il partage à jamais avec Senna, 8 fois en position de pointe à Imola. Michael Schumacher termine donc en 2e position. Il est suivi par son frère Ralf, Jarno Trulli et Fernando Alonso se placent respectivement à la 4e et 5e place sur la grille de départ. Giancarlo Fisichella est 6e et il est suivi par Jenson Button, Rubens Barrichello, Nick Heidfeld et le jeune Nico Rosberg.