Au moment où la voiture de sécurité donne un départ fictif puisque les voitures ne peuvent pas la dépasser, la pluie et le brouillard enveloppe le circuit du mont Fuji. La piste est tellement détrempée que Felipe Massa part en tête-à-queue. Heureusement le pilote brésilien reprend le contrôle de sa voiture et regagne les stands pour changer de pneumatiques. Après 5 minutes, la voiture de sécurité est toujours en piste et la deuxième Ferrari entre aux stands pour mettre les pneus pluie. Le classement évolue donc, sans que la course ait réellement commencé. Les McLaren sont toujours devant, mais les deux Ferrari sont en queue de peloton.

A l’arrière, Kimi Raïkkönen tente de faire monter la température de ses pneus, mais sur une piste détrempée, la moindre accélération brutale se paye contant et le pilote finlandais par en tête-à-queue. Huitième tour avec la voiture de sécurité et la météo ne change pas. Il fait 17° dans l’air, 22° sur la piste et 94% d’humidité. Aucune décision n’a été prise sur la suite de cette drôle de course. Deux solutions sont possibles : lâcher les monstres au risque de voir beaucoup de pilotes partirent à la faute ou stopper définitivement la course et garder le classement actuel. Alors que la pluie redouble, les passages par les stands se poursuivent. Une Red Bull Racing, une Spyker et Kimi Raïkkönen. Au niveau des solutions de poursuivre ou d’arrêter la course, une décision peut venir du pilote de tête, Lewis Hamilton, qui peut prendre la décision de regagner les stands et de dire : « on arrête. »

18e tour, toujours la présence de la voiture de sécurité et Felipe Massa prend une pénalité pour avoir dépassé une autre voiture sous la voiture de sécurité. La course est enfin lancée. Lewis Hamilton garde la tête devant Fernando Alonso. Pour Alex Wurz, c’est terminé, il sort de la piste et tape la Ferrari de Felipe Massa. Le pilote brésilien poursuit puis, repasse par les stands pour observer sa pénalité. Devant, on retrouve Hamilton, Alonso et Sebastian Vettel. Jenson Button, en 5e position, continu sans aileron avant. Il finit par regagner son stand pour mettre un nouvel aileron. Iceman en 12e position parvient à passer Ralf Schumacher. Fernando Alonso ravitaille normalement pour la première et dernière fois.

Lewis Hamilton ravitaille à son tour, il ne s’arrêtera plus. Fernando Alonso part à la faute et devant, Sebastian Vettel mène ce GP. Felipe Massa fait un petit passage dans l’herbe. Robert Kubica passe Heikki Kovalainen et Sebastian Vettel ravitaille. Mark Webber mène ce GP devant Lewis Hamilton et Robert Kubica. Lewis Hamilton part en tête-à-queue sous la pression de Robert Kubica qui prend l’avantage et Fernando Alonso touche la Toro Rosso de Sebastian Vettel. Le pilote britannique, en difficulté, se fait passer par Heikki Kovalainen et David Coulthard. Les deux Renault prennent la tête du GP. Heikki Kovalainen et David Coulthard ravitaillent et Robert Kubica prend une pénalité. Kimi Raïkkönen repasse une nouvelle fois par les stands. Giancarlo Fisichella ravitaille et pour Fernando Alonso, c’est terminé. Le pilote espagnol a très violemment heurté le mur. La McLaren est totalement détruite et nouvelle apparition de la voiture de sécurité.

La ligne des stands est ouverte et les pilotes tels qu’Adrian Sutil et Vitantonio Liuzzi s’y engouffrent. Mark Webber, en seconde position, tape Sebastian Vettel, en troisième position, les deux pilotes abandonnent. La voiture de sécurité s’efface et Lewis Hamilton garde la tête devant Heikki Kovalainen et Felipe Massa. Iceman, en 5e position va essayer de passer David Coulthard. Dans les stands, Ralf Schumacher abandonne et Anthony Davidson part dans le mur. Kimi Raïkkönen s’offre David Coulthard de la plus belle manière. Iceman, à fond, sort un peu large et repart. Felipe Massa repasse par les stands pour ravitailler et changer de pneus. En tête, on retrouve Lewis Hamilton devant Heikki Kovalainen et Kimi Raïkkönen. Le pilote finlandais est, une nouvelle fois trop large. Iceman, en plein festival, s’approche de plus en plus du pilote Renault. Kimi tente un premier dépassement, ça ne passe pas et pour Nick Heidfeld, c’est terminé. Kimi Raïkkönen passe Heikki Kovalainen, mais le pilote Renault parvient à repasser le pilote Ferrari. Felipe Massa arrache la 6e place à robert Kubica au cours d’un duel aussi dantesque que cette course. Le GP du Japon se termine sur la victoire de Lewis Hamilton. Heikki Kovalainen est second, premier podium pour le pilote finlandais. Iceman est troisième devant David Coulthard. Giancarlo Fisichella prend la 5e place devant Felipe Massa. Robert Kubica et Vitantonio Liuzzi complètent le Top 8.

Championnat Pilotes

1) L. Hamilton 107

2) F. Alonso 95

3) K. Räikkönen 90

4) F. Massa 80

5) N. Heidfeld 56

6) R. Kubica 35

7) H. Kovalainen 30

8) G. Fisichella 21

9) N. Rosberg 15

10) A. Wurz 13

11) D. Coulthard 13

12) M. Webber 11

13) J. Trulli 7

14) R. Schumacher 5

15) T. Sato 4

16) J. Button 2

17) S. Vettel 1

18) V. Liuzzi 1

Championnat Constructeurs

1) Ferrari 170

2) BMW Sauber 92

3) Renault 51

4) Williams 28

5) Red Bull 24

6) Toyota 12

7) Super Aguri 4

8) Honda 2

9) Toro Rosso 1